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流式細胞術是現代生物學研究中的一項重要技術。它zui初主要用于細胞的熒光分析以及標有熒光抗體的細胞分選，當然，這仍是現階段的主要應用。但zui近，流式細胞儀的應用范圍正在迅速擴大。在介紹性的評論中，Kalisky和Quake討論了流式細胞儀在單細胞分析中的作用，并談及了它在基因組測序和基因表達中的新興作用。其中，Navin等的一篇文章介紹了從腫瘤細胞中分離單個流式分選的核，接著進行全基因組擴增和單細胞基因組的測序，以研究腫瘤發展。而Brind'Amour則描述了另一種流式細胞學方法，它通過FISH對重復基因組DNA進行分析。

在甲基化分析中，流式細胞儀已應用在癌癥生物標志物的尋找上。通過定量臨床血漿和糞便樣品中的DNA甲基化來尋找生物標志物，如Li等的文章。盡管流式細胞儀在臨床和預臨床研究中的流行，但這項技術的復雜度也限制了它在監控臨床試驗中的應用。在一篇發表在《Nature Immunology》上的評論中，Maecker等提出了一個流程，讓使用流式細胞儀監控的多中心臨床試驗的實驗可變性降至zui低程度。流式細胞儀目前不僅僅用于哺乳動物細胞的研究。根據Stoeckius等，它還用于分期的線蟲胚胎的篩選，以分析RNA表達。而Suzuki等則通過反復交配和單缺失株的富集創建出帶有多個缺失的釀酒酵母。另外，Mayer等采用熒光激活細胞分選來富集細胞特異的適體（aptamer）。

《Nature Methods》的主編Daniel Evanko認為，這些例子僅僅是目前進展中的一部分，無疑流式細胞術將繼續發展，作為新技術被采用，并開發出新的應用。之前，流式細胞儀一直被認為是精密復雜的儀器，需訓練有素的專人操作，且價值不菲，一般實驗室只能望而興嘆。但近年來一些主流生物技術企業相繼推出了新型流式細胞儀，不單將原本需要一支工程師隊伍進行安裝的大型設備壓縮成為可以單人運送的緊湊型儀器，而且操作更加簡單，價格也更加實惠。